L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de six membres.
Parmi eux cinq sont nommés et révoqués par le Grand-Duc.
Trois administrateurs représentent directement l'Etat et sont proposés respectivement par le ministre de la santé, par le ministre de la sécurité sociale et par les ministres des finances.
Deux administrateurs sont proposés par le Gouvernement en conseil parmi des personnalités du secteur privé, choisies pour leur compétence dans l'administration d'entreprises.
La direction de l'établissement est confiée à un directeur nommé par le conseil d'administration sous réserve d'approbation par le Gouvernement en conseil.
Le directeur est lié au centre par un contrat de droit privé.
Le directeur assiste aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative.
Il exécute les décisions du conseil d'administration et assure la gestion courante de l'établissement. Il est compétent pour régler toutes les affaires non spécialement dévolues au conseil d'administration.
Il représente le centre dans tous les actes publics et privés.